20世紀(jì)末，世界各地的天才少年組成了一個(gè)名為 煉金之星 的組織，其成員之一的 高山我夢(mèng) ，作為 XIG 的一員，靠大地給予的 紅光 變身成 蓋亞 奧特曼 后，投入了同CRISIS計(jì)算機(jī)所預(yù)測(cè)到的 根源性滅亡招來體 進(jìn)行的誓死決戰(zhàn)中；另一方面，已脫離 煉丹之星 的 藤宮博也 堅(jiān)定地認(rèn)為：對(duì)于地球而言，人類才是真正的癌細(xì)胞。他憑著 藍(lán)光 的威力，變身成與 蓋亞 相對(duì)立的 藍(lán)色奧特曼--阿古茹 奧特曼 ?！　∽鳛槿毡酒匠赡甓?奧特曼 三作品的 壓軸戲 ，蓋亞 奧特曼其最大的變化在于 蓋亞和阿古茹 這二個(gè)敵對(duì)、且都為地球人出生的 人類奧特曼 的登場(chǎng)。當(dāng)然，他倆的戰(zhàn)斗場(chǎng)面也屬前所未聞。同時(shí)，二人的對(duì)立觀點(diǎn)自始至終貫穿全劇，由此，該作品除了每集都有個(gè)故事之外，整個(gè)劇情更具連續(xù)性。